Львівський національний університет імені Івана Франка icon

Львівський національний університет імені Івана Франка




Скачати 168.38 Kb.
НазваЛьвівський національний університет імені Івана Франка
Дата01.08.2012
Розмір168.38 Kb.
ТипДокументи

Львівський національний університет імені Івана Франка

Кафедра біофізики та біоінформатики


ЗАТВЕРДЖУЮ

Проректор з науково-педагогічної

і виховної роботи

доц. Мамчур З.І._______________

“______”_______________2011 р.


ПРОГРАМА НАВЧАЛЬНОЇ ДИСЦИПЛІНИ



Теоретичні основи біоінформатики

(шифр і назва навчальної дисципліни)

напряму підготовки_______0704 – БІОЛОГІЯ _____________

(шифр і назва напряму підготовки)

для спеціальності 6.040102-БІОЛОГІЯ

(шифр і назва спеціальностей)

спеціалізації_____________________________________________________________

(назва спеціалізації)

інституту, факультету, відділення________біологічного факультету_______________

(назва інституту, факультету, відділення)





Форма

навчання

Курс

Семестр



Загальний

обсяг

(год.)



Всього

аудит.

(год.)


у тому числі (год.):


Самос-

тійна

робота

(год.)

Контрольні (модульні) роботи

(шт.)

Розрахунково-графічні роботи

(шт)

Курсові проекти (роботи), (шт.)




Залік

(сем.)



Екзамен

(сем.)



Лекції



Лабораторні

Прак тичні

Денна

ІV

8

90

30

30







60










8




Вечірня








































Заочна








































Екстернат










































Робоча програма складена на основі: освітньо-професійної програми ГСВО ____________ напряму ____0704 біологія ______________________

(шифр, назва)

варіативної частини освітньо-професійної програми спеціальності 6.040102-БІОЛОГІЯ

(шифр, назва)

Робоча програма складена доц. кафедри біофізики та біоінформатики, к.б.н. Головчак Н.П.

(вчена ступінь, вчене звання, ім’я та ініціали автора (ів) прграми)


Робоча програма затверджена на засіданні кафедри біофізики та біоінформатики

Протокол № ___ від. “____”________________20__ р.


Завідувач кафедрою

_______________________ /проф. Санагурський Д.І./

(підпис) (прізвище та ініціали)

“_____”___________________ 20___ р


Схвалено методичною комісією напряму (спеціальності)_______________________________________________________________

(шифр, назва)

Протокол № ___ від. “____”________________20___ р.


“_____”________________20__ р. Голова _______________/ ___Хамар І.С._____/

(підпис) (прізвище та ініціали)


^ 1.РІВЕНЬ СФОРМОВАНОСТІ ВМІНЬ ТА ЗНАНЬ

Шифр умінь та змістових модулів


Зміст умінь, що забезпечується

З. 34. 02. 01

Тема 1. Історія становлення, предмет і значення біоінформатики. Знати завдання біоінформатики та використання її у прикладному аспекті.

4. 29. 15. 01

Тема 2. ДНК, РНК та білки.

Знати роль ДНК та РНК у біосинтезі білка.

4. 28. 29. 02

Тема 3. Секвенування і аналіз ДНК та білків. Вміти здійснювати картографування геному, аналіз експресії генів і білків

З. 34. 06. 02

Тема 4. Бази даних, програми і їх призначення. Вміти використовувати бази даних для отримання потрібної інформації.




Тема 5. Вирівнювання послідовностей. Вміти застосовувати різні типи вирівнювання послідовностей для порівняння структур..

З. 35. 02. 01

Тема 6. Методи передбачення білкових структур за послідовностями ДНК та амінокислот. Використання моделювання для просторового уявлення структури.

4. 28. 30. 04

Тема 7. Гомологія, філогенія і еволюційні дерева. Використаня біоінформатики для філогенетичного аналізу.

З. 34. 08. 01

Тема 8. Відкриття лікарських препаратів і фармакоінформатика. Вміти застосовувати інструменти біоінформатики для створення ліків, які б діяли лише на обрані мішені організму.




  1. ^ ІНФОРМАЦІЙНИЙ ОБСЯГ ДИСЦИПЛІНИ

2.1. Лекційний курс

Шифр змістового

модуля


Назва змістового модуля

Кількість аудиторних годин

4. 29. 07. 02

Історія становлення, предмет і значення біоінформатики.

Історія розвитку біоінформатики як науки. Розвиток методу секвенування. Завдання біоінформатики. Прикладна область біоінформатики. Аналіз гомо логічностей і послідовностей. Розробка лікарських препаратів.

4

4. 29. 07. 02

ДНК, РНК та білки. Розвиток уявлень про спадковість. ДНК. РНК. Транскрипція. Трансляція. Білки.

2

4. 29. 21. 03

Секвенування і аналіз ДНК та білків. Геноміка та протеоміка. Картографування геному. Методи секвенування ДНК. Відкрита рамка зчитування. Визначення послідовностей клону. Ярлики послідовностей експресії. Секвенування білків. Аналіз експресії генів і білків.

4

4. 29. 19. 02

Бази даних, програми і їх призначення. Значення баз даних. Бази даних послідовностей нуклеїнових кислот. Бази даних білкових послідовностей. Бази даних структур. Бібліографічні бази даних. Спеціалізовані засоби анаізу.


4

4. 29. 20. 01

Вирівнювання послідовностей. Алгоритм. Цілі і типи вирівнювання. Вивчення подібностей. Бали за мутації, випадання і заміни. Методи вирівнювання послідовностей. Попарне вирівнювання. Множинне вирівнювання послідовностей. Алгоритми розпізнавання доменів у білкових структурах. Алгоритми порівняння структур.

4

4. 29. 21. 03

Методи передбачення білкових структур за послідовностями ДНК та амінокислот. Програми передбачення генів. Стратегії передбачення білків. Передбачення вторинної структури. Власне прагнення амінокислот до формування β-згинів. Бібліотеки ротамерів. Передбачення трьохвимірної структури. Порівняльне моделювання. Протягування. Енергетичний підхід до передбачення білкових структур. Передбачення функцій білків. Програми передбачення білків. Візуальне відображення молекул.

6

4. 29. 21. 03

Гомологія, філогенія і еволюційні дерева. Гомологія і подібність. Філогенія і спорідненість. Підходи до філогенетичного аналізу. Філогенетичні дерева. Методи побудови дерев. Молекулярні підходи до визначення філогенії. Бази даних філогенетичного аналізу.

4

4. 29. 21. 02

Відкриття лікарських препаратів і фармакоінформатика.

Відкриття лікарських препаратів. Розпізнавання і затвердження мішеней. Визначення дослідної сполуки. Оптимізація дослідної сполуки. Фармакоінформатика. Хімічні бібліотеки. Програми пошуку.

2




    1. ^ ЛАБОРАТОРНІ ЗАНЯТТЯ

Шифр змістового

модуля


Назва змістового модуля

Кількість аудиторних годин















































































































    1. ^ ПРАКТИЧНІ ЗАНЯТТЯ

      Шифр змістового

      модуля


      Назва змістового модуля

      Кількість аудиторних годин





































    2. ПРАКТИКА

Шифр змістового

модуля


Назва змістового модуля

Кількість годин





























2.5. Самостійна робота студента:

(денна форма навчання)


  1. Біоінформатика та права на інтелектуальну власність (4 год)

  2. Кодування інформації та всесвітня мережа Інтернет (4 год)

  3. Поняття нутригеноміки (4 год)

  4. Мікроматриці ДНК (4 год)

  5. Проект «Геном людини» (4 год)

  6. Бази даних нуклеотидних послідовностей (4 год)

  7. База знань щодо цитохромів Р-450: розробка і застосування (4 год)

  8. Шляхи використовування баз даних (4 год)

  9. Виконання пошуку послідовностей (4 год)

  10. Програми передбачення білків (3 год)

  11. Програма AutoDock (3 год)

  12. Програма Modeller (3 год)

  13. Програма Chimera (3 год)

  14. Візуальне відображення молекул (3 год)

  15. Біомедицина (3 год)

  16. Верифікація (3 год)

  17. Метаболоміка (3 год)



_____________________________________________________________ (заочна форма навчання) ________________________________________________________________________________________________________________________



  1. ^ ПЕРЕЛІК РЕКОМЕНДОВАНИХ ПІДРУЧНИКІВ, МЕТОДИЧНИХ ТА ДИДАКТИЧНИХ МАТЕРІАЛІВ


Базова

  1. Игнасимуту С. Основы биоинформатики. – М. – Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2007. – 320 с.

  2. David W. Moumt Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. 2006. 565 p.



Допоміжна

  1. Арчаков А.И. Биоинформатика, геномика и протеоника – науки о жизни XXI столетия // Вопросы медицинской химии, № 1, 2000, http://medi.ru/pbmc/8800101.htm

  2. Гельфанд М. Биология in silico // Компьютерра, № 36, от 21 сентября 2001 года http://www.computerra.ru/offline/2001/413/12784/#u1

  3. Івашків Л.Я. Методичні вказівки до проведення контролю знань із спецкурсу «Теоретичні основи біоінформатики» для студентів біологічного факультету. Львів. Видавничий центр ЛНУ імені Івана Франка. 2006. 44 с.

  4. Лисица А.В. База знаний по цитохромам Р-450:разработка и применение. Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук Москва-2007. 44 с.

  5. Мічіо Кайку Візії: розвиток науки у XXI столітті. Пер.з англ. – Львів. Вид-во Львів. ун-ту, 2004, 410 с.

  6. Прохоров А. Компьютерная биология – наука XXI века // Компьютерпресс, № 7, 2003, http://www.compress.ru/article.aspx?id=11304&iid=447

  7. Смоляр В.І. Сучасний розвиток нутригенгміки. Проблеми харчування. №. 4, 2004 р.

  8. Чураев Р.Н. Биоинформатика: виртуальный эксперимент в шаге от реальности // Наука и жизнь, http://www.nauka.relis.ru/08/0411/08411020.htm



Інформаційні ресурси

  1. http://www.bioinformatix.ru

  2. http://www.matbio.org/arhiv.php?lang=rus

  3. http://bioinformatics.ru

  4. http://www.pdps.lv/index.htm

  5. http://www.bioua.org.ua/index.php?newlang=ukrainian




  1. ^ КРИТЕРІЇ УСПІШНОСТІ




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Низький рівень знань

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

F

менше

50

«2»

Незадовільно




  • Відсутність відповіді.

  • Фрагментарний виклад матеріалу.

  • Систематичні грубі помилки при викладенні матеріалу.

  • Студент не може розв’язати знайому проблемну ситуацію навіть за допомогою викладача.

  • Лабораторні заняття не виконано, або виконано в неповному обсязі.




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Достатньо

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

Е

51 - 60

«3»

Задовільно




  • Достатні знання в рамках програми.

  • Студент демонструє засвоєння основних знань з усіх розділів програми, допускає помилки.

  • Володіє основним інструментарієм спеціальності.

  • При відповіді студент допускає помилки і незначні неточності у викладі, які сильно не впливають на зміст матеріалу.

  • Лабораторні заняття виконанні.




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Задовільно

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

Д

61 - 70

«3»

Задовільно




  • Достатньо повні і систематичні знання в об’ємі програми дисципліни.

  • Використання необхідної наукової термінології.

  • Логічно-правильний виклад відповідей на питання білету.

  • Вміння орієнтуватися в базових питаннях і напрямках предмету дисципліни.

  • Студент підтримує дискусію з викладачем з усіх питань білету, дає відповіді з незначними неточностями.

  • Лабораторні заняття виконано в повному обсязі.




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Добре

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

С

71 - 80

«4»

Добре




  • Систематичні, глибокі і повні знання з поставлених питань в обсязі програми.

  • Використання наукової термінології, стилістично грамотний, логічно правильний виклад відповідей на питання, вміння робити обґрунтовані висновки.

  • Добре володіння інструментарієм навчальної дисципліни, здатність самостійно розв’язувати поставлені викладачем проблеми, які виходять за рамки білета, в обсязі програми дисципліни.

  • Студент дає відповіді з одинокими помилками, при відповіді на питання білету і додаткові питання робить спроби встановлення міжпредметних зв’язків з різних розділів спеціальності.

  • Лабораторні заняття виконано в повному обсязі.




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Дуже добре

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

В

81 - 89

«4»

Добре




  • Систематизовані, глибокі і повні знання з усіх розділів дисципліни.

  • Точне використання наукової термінології, стилістично грамотний, логічно-правильний виклад відповідей на питання.

  • Вміння орієнтуватися в основних теоріях, концепціях і напрямках предмету, давати їм критичну оцінку з встановленням міжпредметних зв’язків в рамках спеціальності.

  • Студент при відповіді на питання білету і при відповіді на додаткові питання самостійно аналізує матеріал, здатний інтегрувати інформацію з різних областей спеціальності.

  • Лабораторні заняття виконано в повному об’ємі, при їхньому виконанні студент проявив творчий підхід.




Оцінка ECTS*

Оцінка у балах



Відмінно

За національною шкалою

Екзаменаційна оцінка, оцінка з диференційованого заліку

Залік

А

91 - 90

«5»

Відмінно




  • Систематизовані, глибокі і повні знання з усіх розділів навчальної програми.

  • Точне використання наукової термінології, стилістично грамотний, логічно-правильний виклад відповідей на питання.

  • Вміння орієнтуватися в основних концепціях і напрямках навчальної дисципліни, давати їм критичну оцінку з встановленням глибоких міжпредметних зв’язків в рамках спеціальності.

  • Студент дає повну і розгорнуту відповідь на всі питання білету, активно підтримує дискусію з викладачем по усіх питаннях білету і на додатково задані питання, самостійно аналізує матеріал і робить правильні висновки, вміє інтегрувати інформацію з різних областей спеціальності.

  • Лабораторні заняття виконано в повному об’ємі, при їхньому виконанні студент проявив творчий підхід.

Модуль 1

Модуль 2

Підсум-ковий тест (екзамен)

Сума

Змістовий модуль 1

Змістовий модуль 2

50

100

Т1

Т2

Т3

Т4

Т5

Т6

Т7

Т8

25

25




  1. ЗАСОБИ ДІАГНОСТИКИ УСПІШНОСТІ НАВЧАННЯ

поточне оцінювання опрацьованого матеріалу, модулі


Автор _____________________ /____Головчак Н.П.__/

(підпис) (прізвище та ініціали)

Схожі:

Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки України Львівський національний університет імені Івана Франка програма розвитку Університету «львівський національний університет імені івана франка – сучасний європейський університет»
Реформа діяльності Університету, підпорядкована головній меті: перетворенню нашого Університету в сучасний європейський університет...
Львівський національний університет імені Івана Франка iconЛьвівський національний університет імені Івана Франка Тернопільський національний технічний університет імені Івана Пулюя Вінницький національний аграрний університет Жешувський університет Інформаційний лист Вельмишановні колеги,
На конференції планується обговорення проблем та розробка рекомендацій за такими напрямами
Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки, молоді та спорту україн Львівський національний університет імені Івана Франка
Розроблено та внесено: Юридичним факультетом Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки, молоді та спорту україн Львівський національний університет імені Івана Франка
Розроблено та внесено: Юридичним факультетом Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки, молоді та спорту україн Львівський національний університет імені Івана Франка
Розроблено та внесено: Юридичним факультетом Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки, молоді та спорту україн Львівський національний університет імені Івана Франка
Розроблено та внесено: Юридичним факультетом Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconЛьвівський національний університет імені Івана Франка Філософський факультет
Микола Поліщук, кандидат філософських наук, доцент кафедри політології Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconМіністерство освіти І науки, молоді та спорту україн Львівський національний університет імені Івана Франка
Розроблено та внесено: Юридичним факультетом Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconЛьвівський національний університет імені івана франка ivan franko LVIV national university
Кафедра історичної геології та палеонтології геологічного факультету Львівського національного університету імені Івана Франка
Львівський національний університет імені Івана Франка iconЛьвівський національний універтистет Студентське Братство імені Івана Франка Львівського національного універтистету імені Івана Франка Філологічний факультет
Львівському національному університеті імені Івана Франка відбудеться ІІІ всеукраїнська наукова конференція молодих учених-філологів...
Львівський національний університет імені Івана Франка iconДоговір про співпрацю між Львівським національним університетом імені Івана Франка та
Львівський національний університет імені Івана Франка в особі першого проректора В. С. Височанського, що діє на підставі Статуту...
Додайте кнопку на своєму сайті:
Документи


База даних захищена авторським правом ©zavantag.com 2000-2013
При копіюванні матеріалу обов'язкове зазначення активного посилання відкритою для індексації.
звернутися до адміністрації
Документи